Cuando llega la Independencia a México, la enseñanza de la medicina y el ejercicio profesional en que egresaban: médicos, cirujanos, hemetistas, litotomistas, curanderos y otros, formando un grupo disgregado y anárquico a consecuencia de este proceso.
En tanto que la decadencia de la Universidad se agudizaba, el Gobierno de la República se vio obligado a emitir un decreto en 1833 para clausurar las puertas de la Real y Pontificia Universidad de México por “inútil, irreformable y perniciosa”, creando al mismo tiempo lugares de enseñanza superior entre los que figuraba el de Ciencias Médicas, que escogía a sus profesores especialmente del Real Colegio de Cirugía y donde tiene su sede la enseñanza de la medicina legal. Bajo la palabra del primer catedrático, el profesor Don Agustín Arellano.

El Colegio de Ciencias Médicas no desarrolla su labor, ya que pronto es clausurada por la reapertura de la Real y Pontificia Universidad de México, ante el triunfo conservador de López de Santana.
Desde el año de 1833 se perfila las dos tendencias políticas que por más de 25 años disputaran el poder público con grave atraso material y científico del país, hasta que en 1857 se inicia una clara tendencia liberal, gracias a las heroicas luchas del partido liberal y de Benito Juárez.

En esta nueva era política y una nueva legislación, se modifica la enseñanza de la Medicina Legal y el viejo Hospital de san Pablo, hoy hospital Juárez, surge el profesor Don Luis Hidalgo y Carpio, gran precursor de la Medicina Legal Mexicana. Autor del libro “COMPENDIO DE MEDICINA LEGAL”, en dos tomos y su prontuario sobre la “Clasificación de las heridas y otras lesiones”, difundiendo las nuevas corrientes del pensamiento médico legal, iniciada en otro continente por Orfila, Tradieu y otros.
El 6 de octubre de 1862, se nombra la comisión que formulara un proyecto de Código Penal para el Distrito Federal y Territorio de Baja California, el cual fue truncado por la invasión extranjera a México, reanudándose en 1868 y siendo presidida la comisión por el Lic. Antonio Martínez de Castro, que formula un proyecto y da como resultado que el 7 de diciembre de 1871, el presidente Benito Juárez pusiera en vigor el Código Penal para el Distrito Federal y el territorio de Baja California.

Dicho código consideró una serie de conceptos de heridas y otros tipos de lesiones de la manera siguiente: se refiere a delitos de lesiones y homicidio consignados en dicho Código Penal cuyos dictámenes periciales ocupan la mayor parte del trabajo de los Médicos Legistas, cabe decir que se publicó el Auto acordado de heridores el 27 de abril de 1765, las lesiones se clasificaron así: leves, graves por accidente y graves por esencia, agregándose más tarde otras dos clases de lesiones, las heridas mortales por accidente y las heridas por esencia. Permaneciendo esta clasificación hasta 1871, aunado a esto entro en vigor el Código Penal, que según la exposición de motivos de la comisión redactora, toma en cuenta lo estipulado en algunos Códigos extranjeros, como el Baviera de 1813 y el Prusia de 1851, definiendo las lesiones de la manera siguiente: “Bajo el nombre de lesión se comprende no solamente las heridas, excoriaciones, contusiones, fracturas, dislocaciones y quemaduras, sino toda alteración en la salud y cualquier otro daño que deje huella material en el cuerpo humano, si esos efectos son producidos por una causa externa”.

(Un comentario importante es que el concepto de lesión prevalece en él articulo 288 del Código Penal vigente para el Distrito Federal de 1994, mismo que tiene su origen en el año de 1813 en Baviera y en Prusia).

El hospital de San Pablo, después de la invasión Norteamericana y con carácter Municipal recibía a todos los heridos de la ciudad y a los cadaveres recogidos para que se les practicara la autopsia de ley y de estos últimos se rindiera informes médico legales.

El Servicio Médico Legal del Distrito Federal y Territorios Federales, no se organizó completamente sino hasta el año de 1903, cuando el Gobierno de la República dicta la Ley de Organización Judicial y el Reglamento de la Ley Orgánica de Tribunales. Esta ley en su articulo 114 a la letra dice: “El Servicio Médico Legal para la Administración de Justicia en el Distrito, será desempeñado por los médicos de comisaría, los de hospitales, los de cárceles y los peritos médicos legistas”, disposición que tenia sus antecedentes en la Ley del 15 de septiembre de 1880, expedida por el General Porfirio Díaz.

La ley referida anteriormente también menciona en su articulo 119: “ Habrá en la Ciudad de México cuatro peritos Médico Legistas, dos Químicos, un practicante, un escribiente archivero, dos mozos y un Médico Legista en cada una de las delegaciones (Tacubaya, Tacuba, Tlalpan y Xochimilco)”. También estipulaba que para ejercer el cargo el perito Médico Legista debería de ser de moralidad y honradez notorias, profesor con título oficial de cirugía, medicina y obstetricia, mayor de treinta años y con cinco a lo menos de ejercicio profesional.

Por más de 15 años el Servicio Médico Legal de la Ciudad de México funcionó de acuerdo a la ley de 1903, el 9 de septiembre de 1919, el gobierno heredó de la Revolución Mexicana la Ley Orgánica de Tribunales del Fuero Común, en lo relativo a la organización del servicio Médico Legal, las reformas no fueron en realidad sustanciosas.