En la época de la colonia, la Medicina Legal en México siguió dos cursos el académico y el auxiliar de la Procuración y Administración de la Justicia.

La Real y Pontificia Universidad de México que fue fundada por cédula Real expedida el 21 de septiembre de 1551 en la Ciudad de Toro, España, por el Emperador Carlos V, para que los “naturales” e hijos de españoles fueran instruidos en las cosas de nuestra Santa fé Católica. La cátedra de medicina se implanto hasta el año de 1580, lo cual motivó a los hombres de la Colonia a estudiarla.
La Medicina Legal debe considerarse heredera auténtica del Renacimiento, cuyo desarrollo se inicia con los trabajos de AMBROSIO PARÉ y FORTUNATO FEDELE, en el siglo XVI, para tomar cuerpo de Doctrina con la obra “Cuestiones Médico Legales” de PABLO ZACHIA; la primera edición aparece en Amsterdam en el año de 1651, un siglo después de la fundación de la Real y Pontificia Universidad de México.

Dadas las condiciones que imperaban en esa época, los conocimientos estaban muy atrasados y la Universidad solo se dedicaba a impartir densos problemas teológicos, canónigos, jurídicos y retóricos en forma teórica. Fue hasta el año de 1768 y a disgusto del Proto Medicato de la Ciudad de México, y por orden del Rey Carlos III, que se fundó en la Nueva España, el Real Colegio de Cirugía a instancia del Virrey Marqués de Croix. El decreto ordenaba que la organización del Real Colegio fuese a semejanza de la que sentaba su ejercicio en los Colegios de Barcelona y Cádiz. Debiendo darse énfasis a la anatomía y la cirugía, para quedar establecido el Colegio de Cirugía en el Hospital Real de Naturales.
En el Colegio de Cirugía, se impartieron las cátedras de anatomía, fisiología, clínica quirúrgica y medicina legal. En cuanto a la Medicina Legal se tiene información de un manuscrito del Lic. MAGIN CAMÍN, titulado “Arte de hacer las relaciones médico químico legales”.
Mientras tanto la enseñanza de la Medicina en la Universidad fue decayendo en forma notable por la renuncia a admitir las nuevas corrientes de pensamiento; las instituciones creadas por Carlos III y el real Colegio de Cirugía, se distinguieron por su labor progresista, así quedaron definidas dos tendencias opuestas: La conservadora de la Universidad donde estudiaban los médicos, y la corriente progresista del Colegio de Cirugía. Esta tendencia llegó hasta la época de la Independencia.